Wille指示Akira(由Yuko Miyamura配音)和Shinri(由Masayama Sakamoto配音)夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji(由Keimei Ogata配音),但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意,跟随Ayanami(由Hyumi Lin配音)登上了突然入侵的9号航班,回到了千疮百孔的NERV总部。在这里,他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知,他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年,其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
世界遗弃战争结束后,埃尔西亚遭到严重破坏,生活环境变得非常恶劣。在这里,强者从弱者手中夺取了“数字计数”来证明他们的存在,而这个世界的生存法则早就是丛林法则。然而,当弱者面对欺凌时,总会有一个英雄为他们挺身而出。
17岁的龙崎桃子(深田恭子饰)住在茨城县下妻,她喜欢洛可可风格的打扮,并向往中世纪的法国。和桃子同校的高二女生白百合草莓(土屋安娜饰),是一个整天骑着重型摩托车的“飙车帮恶女”。