20年前，劳拉（安吉丽娜·朱莉饰演）的父亲（乔恩·沃伊特饰演）在一座古墓中挖掘出的盒子里发现了一个神秘的时钟。劳拉从她父亲那里得知，这个时钟与一个神秘的组织有关。
《黑礁》第二季继承了第一季的故事内容，于2006年10月2日至12月18日在日本播出。
这个与人类长相相同的“那个物体”是“人类尚未到来”的五个人形机器人之一，它诞生于震惊世界的超高性能人工智能。五个机身中的每一个都有自己的意义，它们为获得另一个的性能而斗争。那些只能观看这场战斗的成年人，以及那些接近这种存在并试图建立新关系的青少年。他们寻求通向未来的选择以及人与物之间关系的答案。过度进化的机器和人类世界之间有什么联系？在这个过度便利、什么是重要的、什么是必要的时代，新来者通过与远超人类的人形机器人Lycia的相遇，寻求未来选择以及人与物体之间关系的答案。
