凪宗一郎（保志总一朗 配音）和卜比牧原（三木真一郎 配音）的到来让本来平静的统道学园鸡犬不宁。虽然统道学园是一所武校，但学校提倡平和理智的武道，反对无因的暴力，而宗一郎和牧原两人此次的目的却是征服这座学校。
神秘的EVA Zero飞行员Ayanami在与Ikeyamura达成协议时，抵达了NERV底层的中央教条红池。她的命运似乎要在这里结束了。在关键时刻，川上和美不仅要按照吉信吉的指示完成对“第二次大灾难”和“人类完成计划”真相的调查，还要保护东和秋原，以及防止SEELE与第一架和第二架飞机的身体接触。出于对池原都的仇恨，秋原接受了SEELE引爆MAGI的提议。她能成功吗？为防止人类“终极悲剧”而酝酿的“人类完成计划”，比如与SEELE合作了很长时间的池云田、冬月耕、池吉，能否实现？请在电影《新世纪福音战士》第二部中提供答案。
在法国浪漫华丽的街道上，出现了一个身着红色和服的黑发少女，她的身影与环境格格不入，却又散发着让人无法移开视线的魅力。这名和服少女叫做汤音（东山奈央 配音），从日本长崎远道而来的她希望能够在法国找到一份称心的工作。
