在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。
新宿区东侧……极尽混沌的街区中心，是霓虹闪烁的歌舞伎町。光线愈强则暗影愈浓，在恶人潜伏着的黑暗更深处，侦探长屋的灯光长明。哈德森夫人所经营的这间长屋，聚集着各种古怪之人。
二十年后的一天，初音岛风间书院官方新闻部门的权威遭到了非官方部门的大胆挑战。毕业季即将到来，出版《毕业季》特刊成为该系的首要任务。这一次，森原莉夏部长（新田惠海配音）决定调查传说中的樱花树，并将“魔法”作为杂志的主题。
