在此期间,他们还认识了对方的朋友服部浩史(由Horikawa Ryuki配音)、富山和叶(由Miyamura Yoko配音)。比赛进行到一半时,电视台收到了爆炸警告信,警方迅速采取行动组织疏散。疏散进行到一半时,突然发生爆炸,导致浩和浩也被困在大楼里。在经历了一系列的混乱之后,一个与高岳杯有关的人的尸体突然出现在了所有人的面前。这个令人困惑的案件再次引起了柯南的注意。。。本片改编自青山刚昌的人气漫画,是“名侦探柯南系列”的第21部电影版本。
故事发生在1999年,那个不详的世纪之末。坐落在深山之中,由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里,迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅(日笠阳子 配音)。