已是江户时代后期，时有明石藩江户之家老间宫图书（内野聖陽 饰）在幕府老中土井大炊头（平幹二朗 饰）的宅前自杀，此举引起朝野震动。一切皆由明石藩主齐昭（稲垣吾郎 饰）而起。
正值炎炎夏日，地处海滨的湘北也被全国大赛的热情所点燃。与海南的艰苦鏖战，让曾经不甚起眼的湘北高中篮球部一战成名。在众多现场观众中，流川枫在富丘中学的学弟水泽一郎也见证了这激动人心的一刻。
《屠杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球，此时部分落后国家爆发了一连串内战及民族冲突，在这血腥风暴之中，美国特殊情报部队「克拉维斯（クラヴィス）」发现了在阴影之下有一名叫「约翰?保罗（ジョン?ポール）」的美国人参与其中，约翰路过之处必定掀起腥风血雨，这让众人疯狂的 「屠杀器官」到底是什么？ 剧场版动画《屠杀器官》根据早逝的天才科幻小说作家伊藤计划的同名小说改编，由富士电视台的noitaminA节目企划，manglobe制作，将于2015年10月上映。
