第二天,柯南(高善男配音)和他的朋友们去东都水族馆观光,却发现了一个美丽的受伤女人(天海佑希配音)。这名妇女处于失忆状态,她的手机也被损坏,无法使用。柯南和其他人承诺会帮助她恢复记忆,但就在他们交谈的时候,隐藏在黑暗中的黑衣组织成员贝尔穆德(小山莫美配音)冷漠地看着这一切。在相处过程中,这个女人非凡的技巧和奇怪的言行让Ashikawara Ai(林惠美配音)质疑她的真实身份。刚才有一个平静的水族馆,那些沉浸在喜悦中的人会认为,随着神秘女子技能的恢复,他们很快就会卷入黑暗组织的杀戮和混乱中
两人的相遇让他们有了回到过去的特殊能力。与此同时,女扮男装的尤加(Yuri Uga,小泽明配音)、同样拥有穿越时空能力的德国女孩小雅(Kazuka Nazuka配音)和太阳镜男主人公村田(Yoshiki An配音),一直追随秋子的人迷恋而固执的山崎佳奈子(由Horie Yuichi配音)和神秘的少女Fumio Fumio(由Noaka Blue配音),这些角色相继出现在Yasaka一郎的身边。