三年前的一场交通事故令凉宫遥(栗林美奈实 配音)陷入了昏迷之中,鸣海孝之(谷山纪章 配音)一直将交通事故的责任归结在自己的身上,因此陷入了痛苦和颓废之中,在此期间,爱慕着孝之的速濑水月(高桥智秋 配音)不离不弃的照顾和鼓励着孝之,两人不知不觉之中就开始了宛如情侣一般的半同居生活。 某一日,凉宫遥突然从昏迷中苏醒了,因为脑部受伤,所以她的记忆暂时出现了混乱。孝之将此当做是赎罪的契机,于是一直守护着凉宫遥,水月将这一切都看在眼里,她直到,孝之真正喜欢的只有凉宫遥一个人,黯然之中,她选择了默默退出。
此时,皇帝向萨摩藩、长州藩下达了讨幕的密敕,并紧接着颁布了王政复古的大号令。朝廷宣告了德川幕府的终结。对此承诺的庆喜移居大阪,新撰组也再一次以并非“浪士集团”而是“幕臣”的身份备战,将屯所移至伏见奉行所。 新撰组队士·市村铁之助,怀着对从以前开始就关系亲密的少女·沙夜的思念,以副长·土方岁三小姓的身份,与身为队医的好友山崎烝、兄长辰之助一起,准备共同迎来身为新撰组一员的命运,但……。 期盼成为武士而前往京都的年轻人们,为了能够衣锦还乡而向着战斗突进。即使最终迎来的会是悲伤的别离……。