两位主角一郎一郎（荒野根根饰演）的目标是在24小时内破案。标题中的“MIU”是移动调查组的首字母，“404”是扮演移动搜索小组成员的两个人的呼叫信号。
故事描述了20XX年，“通往另一个世界的门”突然出现在东京银座，从中出现了大量的怪物和军队。陆上自卫队在击退他们的同时，也赶到了大门另一侧的“特区”。
司波达也（中村悠一 配音）和妹妹司波深雪（早见沙织 配音）是魔法高校的新生，深雪是能力优秀的“花冠”，而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中，兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实 配音）、文静胆小的柴田美月（佐藤聪美 配音）、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃 配音）、认真努力的吉田干比古（田丸笃志 配音），在学习的过程中，存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。
