相反的关系是由综合实力远超德川大学的帝国大学医院部附属医院形成的。该医院的西崎启介教授（石川裕助饰演）和左博教授围绕日本普通外科学会会长的职位展开了激烈的竞争。为此，西崎派遣了他最喜欢的学生小泉隆史（小泉小太郎饰演）潜入敌方营地，试图用最新的医疗设备动摇萨博的地位。然而，左博手下也有一个人，让所有医生都头疼不已。这个人叫Seiji Ryo（由宫城宏饰演），他用高超的手术技巧拯救了濒临灭绝的生命。然而，他的毒舌和阴暗的性格使他成为一个可怕的恶魔医生。出于不可告人的动机，渡海卷入了左波和西崎之间的纠纷。。。这部电影改编自早田尊的同名原作。
革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感，时刻密切监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……
