在现任领导人伊塔古拉·方布鲁克·温格茨·赫辛的领导下,与反基督怪物作战的皇家教会骑士团(Hellsing)承担了许多危险和阴谋的任务。在这个过程中,与食尸鬼有关的事件层出不穷。在死亡事件的背后,另一个神秘组织正在策划一场令人震惊的阴谋。为了保护英国本土和新教,第九次十字军东征成立,他们的对手是由纳粹少校领导的千年食尸鬼军。伦敦上空乌云密布,标志着一场前所未有的善与恶之战的开始
季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。