幕府时代末期,外忧外患,山川动荡。人民的生活很艰难,他们的生命不断受到威胁。年轻的心太被他善良纯洁的心所打动,成为了飞天剑流的大师。他被他招募来学习剑术,并改名为剑心。
在遥远的未来,一个说不定是被称作为地球也不一定的惑星,有一群全身机械化的武士们在那儿长期的战斗。当大地化为焦土,战争终告终结。人们再次耕种稻田,生产出不至于让生活有困难的数量的米。
我们为什么要这样做?哈尔西洛恢复了理智,发现自己身处黑暗之中。他不知道自己在哪里,也不知道这个地方在哪里。他周围是一群男人和女人,他们和他一样,已经失去了记忆,只记得自己的名字;离开地下后,等待每个人的是一个像游戏一样的世界。