NORN9告诉一个年轻人在穿越时空到达世界的过程中遇到了三个女孩和九个年轻人的故事。年轻人和他们一起踏上了一段空中之旅。他们开始旅行的原因是什么？目的地在哪里？这个“世界”到底是什么？带着各种疑虑，这艘船正在向前行驶。故事快结束了。
那是整个“鹡鸰计划”开始的信号.被称为“鹡鸰”的108名可爱战士，为了寻找各自的主・葦牙，被放飞到人类世界睹上自己的信念，为了成为最后一只“鹡鸰”.“对不起，今年也失败了……”虽然来到了憧憬已久的东京，但是考大学失败，成为复读生的佐桥皆人。整天无所事事，也没什么亲密朋友，当然也不可能会有女朋友，是个所谓的心力交瘁者。而且在那一天，决定要第二次复读。在残酷的现实世界，情绪低落的皆人走在回家的路上。在他的面前，突然，一个美少女从天而降。她的名字是“结”。自称名叫“鹡鸰”的少女，选择皆人作为命运的对象“葦牙”。“我，为了大家而战斗！”皆人与结的羁绊，故事由此展开——这是，人与鹡鸰交织而成的一出新神话这是，由鹡鸰们展开的一场可爱的战记这是，与命运之人一起纺织而出的奇迹爱情故事“所有的一切，都是为了与所爱的人永远的结合......................
与此同时，来自国外的红发学生明日香（宫村洋子配音）和玲博丽（林惠美配音）一分为二，以姐妹身份出现，给Ikari真嗣的学校生活带来了巨大的变化。此外，原作中高大帅气的原型也将以娇小可爱的形象作为学院的一部分出现在动画中。该动画以《新世界福音战士》中的人物为原型，取代了原作沉重严肃的氛围，描绘了轻松愉快的校园生活。制作团队首次采用3D Q版设计，搭配逼真的背景和2D拼接，创造出多样化的绘画风格。
