故事主要讲述了就读于圣克罗尼亚学园高中部的溷血儿羽濑川小鹰,在某一天看到了美少女三日月夜空一个人愉悦地说着话,之后两人便开始聊起关于如何交朋友的话题。而没想到夜空建立了一个以交朋友为目的问题社团──邻人部,各种问题美少女先后申请入社。
11岁时,一个名叫Ashikaga Taichi(藤田淑子配音)的小男孩与他的朋友石田大和(Kazuma Yuko配音)、武内空子(Mizuya Yuko配音。然而,他出乎意料地神秘地被带到了一个五彩缤纷的数字世界。在那里,他们找到了一个叫“数码宝贝”的伙伴。进入数字世界后,八神太乙和他的同伴们遇到了凶猛的怪物贝壳兽。就在所有人都快要被抓住的时候,太一的古老野兽突然进化成了霸王龙并救了他们。进化究竟是如何对事件做出反应的?什么是数字世界?无数的谜团出现在被选中的孩子面前,激动人心的冒险就这样开始了