可是父亲突然神秘失踪,因为联络不上父亲而担心的千鹤决定女扮男装前往京都探访。在那里,她所看见的是,与饥渴地寻求鲜血的妖怪所战斗并制伏他们的新选组的队士们。千鹤与新选组结下了奇妙缘分,并因缘际会之下加入了新选组。在搜索失踪父亲的主人公面前,出现了神秘的刺客们,逐渐明朗化地新选组的秘密——罗刹的存在。 在狂暴的时代中,在幕末争斗的背后,胸中挥舞着理想与信念之刃的男人们,与黑暗的战斗也拉开了序幕......
喜好摄影的内向女孩泽渡枫(竹达彩奈 配音),由于转学来到了去世的父亲朝思暮想的城市——广岛县竹原市。最初不可避免的短暂不适,很快为女孩之间真挚的友情一扫而空。
《时代飞船》系列作品改编自去年播出的《时代飞船24》的世界观,以三个反派为主角。三大反派是指本作中的三个反派,他们通常伪装成世界上最大的教科书出版商“天国社会史”第14期仓库课程的成员。