克里斯蒂娜和尼斯将在两年后重聚，但这不是他们想要的聚会。
无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。
吉田素也（夏凡饰演）在木村长大，那里简单的生活环境非常舒适。苏叶的高中是一所只有6名学生的中小学混合学校，所有年龄段的孩子都相处得很好。来自东京的转学生小泽宏（冈田贤三饰演）打破了村里孩子们的平静。
