截止日期即将到来，但未经医院和她的男朋友、作家太男（宫藤千郎饰演）的同意，她不能出院。她不得不继续住在这个地方。她认识患有厌食症的明治（青井优饰）和患有神经性贪食症的喜叶（大竹仁饰）。尽管Akira一开始觉得他们很奇怪，但她还是和他们成为了朋友。铁雄派人去看望阿基拉，但她一时无法忍受这种兴奋，爆发了麻疹。即便如此，Akira还是设法应付了医院护士的无情。就在一切似乎都在好转的时候，明治的一个大秘密唤醒了秋叶的记忆
与此同时，“白雪公主”内部突然出现几个头带斗笠象僧侣一样的人开始追杀研究员……当入侵的机器人突入“白雪公主”的时候，里面已经血流成河。那些僧侣们留下一句“你来迟了一步，复仇者，你还未够道行啊”，就神秘的消失了。 接到求救的联合宇宙军战舰迅速赶到，但是“白雪公主”各处已经开始发生爆炸。入侵的机器人留下的唯一踪迹是玻色子跳跃前的模糊影响，而这种跳跃应该是比它大几十倍的大型战舰才能做到了，幽灵机器人的说法因此不径而走。 因为四个殖民地连续发生爆炸，地球统合军成立意外调查委员会负责调查次事，但他们不信有关机器人玻色子跳跃的事情，还把宇宙军排除在外。为此联合宇宙军自行展开调查，计划从玻色子跳跃系统入手，这就牵涉到葫芦计划。葫芦计划是在人类活动频繁的宇宙区域内的一些殖民地之间建立玻色子跳跃通道，这样拥有次元歪曲防壁可以经受跳跃冲击的战舰就可以通过郁金香方便的来往于各地。按照计划，星野琉璃少校任舰长的机动战舰NADESICO·B奉命出发前往葫芦计划的中枢——殖民地“天照”。 在殖民地“天照”，琉璃受到当地指挥官的故意怠慢，于是她将计就计，表面上接受殖民地安排的所谓“检查”，暗地里利用NADESICO·B里的超级电脑“思兼”侵入“天照”的电脑系统，结果不仅发现有葫芦计划正式设计图上没有的玻色子跳跃通道，还发现大量非正式的玻色子跳跃的人体实验记录。 正在这个时候，“天照”内的电脑系统出现反常现象，电子屏幕上充满了OTIKA的字样，无法正常工作。“OTIKA反过来就是AKITO，也就是明人”，突然想到这点的琉璃似乎预感到什么，“那是暗号，还是巧合？但是那个人……明人和由利加已经死了呀。” 入侵者终于出现了，在玻色子的灿烂光芒中。连NADESICO也无法识别的入侵机器人虽然只有十来米长，但是激动性和威力却非常强大。这时琉璃果断地命令NADESICO进入战备状态但不参与“天照”的保卫战斗，而是静观其变。另一方面，天照出动的是凉子带队的爱特巴里斯队，入侵者似乎抵挡不住迎击而想要撤退，可是谁知这是调虎离山之计。当爱特巴里斯队被引到殖民地外圈的时候，一艘不明战舰突然通过时空跳跃出现，用重力波炮攻击使殖民地警卫队损毁严重，入侵机器人也乘乱进入了殖民地内部。 “你认识的天河明人已经死了，我想你收下他曾生存的证据”星野琉璃，被称为“电子的妖精”的女孩，NADESICO·B的舰长琉璃+超级电脑思兼+NADESICO·C= 无敌 最后的决斗就在眼前，明人乘坐的黑色机器人蓄势待发 “他会回来的，如果他不回来，我们便追上去，因为那个人对我们很重要” 这时在殖民地指挥部，一伙自称火星后继者的人发动政变占领了“天照”，而另一方面紧随入侵机器人进到基地内部的凉子在那里见到了上次战争中地球和木星都想得到的火星遗迹——玻色子跳跃的黑匣子。黑暗中突然传来一阵摄人心魄的铃声，“危险！”，听到了黑色机器人驾驶员的警告，凉子侥幸躲过了偷袭。偷袭者出现了，他们就是上次在“白雪公主”大开杀界的那些僧侣，也是火星后继者背后的影子——心黑手辣的暗杀者。僧侣的首领向黑色机器人发话了，“你要死在自己的妻子面前吗”，随着这话音，遗迹缓缓展开，出现在里面的竟然是由利加。原来由利加没有死啊，凉子想，那么明人呢？刚才黑色机器人驾驶员的声音怎么这么耳熟？啊！是明人，他们都还活着！ 混战中凉子被赶来支援的赤月救出，明人和由利加下落不名。“天照”终于被火星后继者给爆破了，之后火星后继者占据了火星极冠，在那里和他们的支持者集结，想要依靠遗迹的力量和统合军对抗。 通过调查，大家得知火星后继者造就和尼鲁加路的竞争对手联合起来，希望通过掌握波色子跳跃通道的“葫芦计划”来达到起野心。为此需要那些为数不多的A级跳跃者来做玻色子单体跳跃的领航员，明人和由利加就是在蜜月旅行的时候被火星后继者绑架了的，当局为了保密才宣称他们不幸遇难。后来明人侥幸逃脱了出来，一直在暗中和火星后继者战斗。 面对新的威胁，琉璃等人奉命回地球召集人手，已经退役的原NADESICO成员又重新聚集起来，更有不少年轻人加入。然而，到达地球的不只是他们……战斗即将爆发，结局到底是什么样的呢？
有一天,被囚禁在黑暗世界的由厨菜,偶然目睹征木家的圣诞节,发现天地就是树雷王子,心中计划了一个阴谋. 征木家的往常一样,生活得很平静.这天,天地去扫墓,在回家途中,突然出现了一位叫做麻由华的少女,并自称是天地的女儿,天地将她带回家后,令全家骚动起来,尤其是魉呼.鹫羽偷偷拔了麻由华一根头发,分析后确认麻由华的确是和天地有同样的遗传基因.大家又讨论起来了,谁是麻由华的母亲呢?(似乎魉呼和阿重霞很感兴趣.) 于是麻由华便在天地家住下了.慢慢的,她和沙沙美成了好朋友,并逐渐溶入了这个家.但是,由厨菜使用魔力,控制麻由华,要将天地带到黑暗世界.第一次,被魉呼中途阻止了,于是魉呼叫天地小心,并和麻由华大打出手,后来被天地制止.麻由华自己也不知道发生了什么事,沙沙美安慰她,并答应和她一起过圣诞节. 后来,由厨菜见劫不走天地,便绑架了沙沙美,要天地去黑暗世界救她.天地和魉呼只好去黑暗世界,在那里和由厨菜展开激战,麻由华被洗去记忆,要杀死天地.在黑暗世界,光是传不进去的,天地无法使用光鹰剑,就在麻由华要杀死天地的一刹那,沙沙美的叫唤,使麻由华苏醒过来,和由厨菜打了起来,由厨菜恼羞成怒,将麻由华消灭了,麻由华变成了一颗红宝石.这时,由于阿重霞的祈祷,光终于传到了黑暗世界,天地使出光鹰剑,将由厨菜打倒,由厨菜在消失前,交给天地一个盒子,是给天地爷爷的礼物.天地回去后,交给爷爷,爷爷若有所思. 正当大家为麻由华伤心的时候,鹫羽手持那粒红宝石,说可以满足大家的愿望.于是,在圣诞节时,沙沙美手中抱着一个可爱的女婴……
