无奈之下，他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘（由大谷幸雄配音）。皮卡丘，也被称为电老鼠，虽然外表可爱，但性格腼腆内向，与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠，暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前，神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗？小智能如愿成为神奇宝贝大师吗？
2025年，从毁灭性的恐怖袭击导致的2020年东京奥运会终止开始，联合国控制了之前东京奥运会在东京湾边界的会址地区，并使之脱离了日本的管制。 17岁的冬月花是住在这片地区的一名高中生，但她的身份绝非普通，暗地里，她是联合国特殊部队的一员。花以一名转学生的身份被派往江之岛上的一所公立高中执行特殊任务。 她的目标是，七濑俊一，一个和她在一个班上的男生。 然而正当花准备与她的目标联系时，一个中年男子突然出现在学校并寻找俊一。与此同时情况直转而下，美国派出了特种部队到了这所学校来追捕那名中年男子。 当血滩扩散开来之时，另一名少女开始设法进入这个岛来打破现在的僵局。
