为了保护数码世界和数码兽,四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界,造成了危险和混乱,启人和好友牧野留姬(折笠富美子 配音)、李健良(山口真弓 配音)一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此,朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽,追随着古乐兽的踪迹,启人一行人闯入了数码世界,展开了大冒险。
银河帝国的门阀贵族社会的腐败,以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后,宇宙历8世纪末,两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆,以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军,展开了不知道是第几次的冲突。