《阿雅与魔女》是改编自戴安娜·韦恩·琼斯的同名奇幻小说，故事描述不知道自己是魔女小孩的阿雅，在某一天被奇妙的家庭所收养，并且与坏心的魔女共同展开了生活，属于阿雅的奇幻故事就此展开。
世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
而且，表现出与往常不同的一面的“nonet”和“Ho”的扮演总是拉开了像Shiina这样的意想不到的角色的帷幕。
