如今,葵出落成为了大姑娘,身为一名高二学生,葵并没有将心思放在考试和升学上,每天都漫无目的的弹着贝斯,毫无干劲。茜将这一切看在眼里,感到非常的着急。某日,镇上举办了音乐会,在现场,葵意外的发现了金室慎之介的身影,他回到了这个小镇上!与此同时,13年前年仅18岁的慎之介亦穿越来到了姐妹两人的身边。
从那时起,五年过去了。亚马逊几乎被驱逐,世界正在走向和平。然而,感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大,政府成立了一个新的4C组织,秘密驱逐亚马逊化的人类。其中,童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。