麻衣所在的学校出现了谣传,说旧校舍被灵所诅咒。涉谷一也受到校长委托,来到学校调查。同时被叫来的,还有巫女松崎绫子、和尚滝川法生、驱魔者约翰·布朗和灵媒师原真砂子。一行人在展开调查之时,发生了种种事故,这究竟是何种力量在作祟? 事件解决后,涉谷一也邀请麻衣加入他的涉谷心灵研究所(即SPR)打工。SPR接受各种委托,对各类灵异事件展开调查。麻衣和涉谷他们不仅仅用自身超能力解决问题,而且还会用现代科学解释。
POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代~近未来的水准,与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外,所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是,借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密,精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……