值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
玲子死后，怪物们为了夺回自己的名字，只纠缠了夏目。只有把怪物的名字还给他们，夏目才能恢复平静的生活。为了回归平静的生活，夏目和猫神带着“朋友的帐篷”踏上了寻找怪物的旅程，并通过这种方式介绍了关于怪物的感人故事。
