他仍然继续扮演一个好斗的角色，而吉田则扮演队长黑泽武藏，他因其性格和技能而受到同事们的信任。在这些背景人物的基础上，一个新的故事展开了。千叶雄大饰演与黑泽明合作的副驾驶程来龙，鸟谷茂饰演住在同一间卧室的机械师四宫遥。
神秘的EVA Zero飞行员Ayanami在与Ikeyamura达成协议时，抵达了NERV底层的中央教条红池。她的命运似乎要在这里结束了。在关键时刻，川上和美不仅要按照吉信吉的指示完成对“第二次大灾难”和“人类完成计划”真相的调查，还要保护东和秋原，以及防止SEELE与第一架和第二架飞机的身体接触。出于对池原都的仇恨，秋原接受了SEELE引爆MAGI的提议。她能成功吗？为防止人类“终极悲剧”而酝酿的“人类完成计划”，比如与SEELE合作了很长时间的池云田、冬月耕、池吉，能否实现？请在电影《新世纪福音战士》第二部中提供答案。
高中生夏目本可以过上普通的高中生活，但他本可以看到怪物并遭受痛苦。很多时候，他差点被怪物杀死。一次偶然的机会，夏目遇到了猫神。猫神告诉他，夏目的祖母玲子有一个“朋友账户”，记录了所有被玲子打败的怪物的名字。
