通过躲避帝国的追捕和遇到星晶兽,两人加深了联系,并逐渐发展壮大。但去星岛的旅程只进行了一半。青少年、女孩和同伴一起踏上下一段旅程。霧の総旗艦・ヤマトを目指していたイ401の艦長・千早群像は、父、翔像の生存を知ると、父との再会という新たな目的を抱き北極海へと向かう。一方、メンタルモデルとして成長してきたイオナは、自らの出自を告げられたことでその過去に苦しめられてしまう。