娇小害羞的千濑(前田亚季 饰)一直暗恋着同班同学修次(洼冢俊介 饰),终于,在鼓起勇气向修次表白之后,千濑和修次之间纯白的爱情之花绽放了。一天,札幌的上空突然飞来了大量的轰炸机,战争开始了,也就是从那时起,修次发现了深藏在千濑体内的秘密——向来人畜无害的千濑竟然被军方残忍的改造成为了“最终武器”。 尽管心中充满了恐惧与不忍,但只要遭到了攻击,千濑的身体就会不受控制地做出自卫反击,就这样,在短暂的幸福之后,千濑绝望而又无助的,作为兵器的余生开始了。看着身体和心灵都千疮百孔的女友,修次无法说出宽慰之语,他只能通过行动,默默的陪伴在千濑的身边。
故事围绕着五位少年的校园生活展开,双胞胎兄弟浅羽悠太和佑希,和他们的青梅竹马——冢原要和松冈春,以及转校生橘千鹤。一个个清新淡雅的画面,描绘了五位少年一段段幽默温馨的青春故事。 在漫天樱花飞舞中,穗稀高中的学生迎来了开学典礼。
然而,一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面,将暗游戏视为劲敌的海马濑人,在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成,试图再度复活暗游戏。