2025年，从毁灭性的恐怖袭击导致的2020年东京奥运会终止开始，联合国控制了之前东京奥运会在东京湾边界的会址地区，并使之脱离了日本的管制。 17岁的冬月花是住在这片地区的一名高中生，但她的身份绝非普通，暗地里，她是联合国特殊部队的一员。花以一名转学生的身份被派往江之岛上的一所公立高中执行特殊任务。 她的目标是，七濑俊一，一个和她在一个班上的男生。 然而正当花准备与她的目标联系时，一个中年男子突然出现在学校并寻找俊一。与此同时情况直转而下，美国派出了特种部队到了这所学校来追捕那名中年男子。 当血滩扩散开来之时，另一名少女开始设法进入这个岛来打破现在的僵局。
为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。 被扭曲的冬木圣杯战争，Saber（阿尔托利亚·潘德拉贡）黑化并杀掉Caster以外的所有从者顺道灭了整个冬木后在大空洞等待Caster的来临。这次战争的Caster为库·丘林，他个人表示如果职阶是Lancer就能秒杀黑Saber，因为主角，玛修和奥尔嘉玛丽的介入，成功停止了这场疯狂的圣杯战争，但Saber和Caster双双消失意味着这场战争没有人获得圣杯。关卡最后消灭了奥尔嘉玛丽灵魂的雷夫加上这次战争的Saber也认识Grand Order，到底是…？
大演習に向かう途中、自衛隊の一個小隊21名が、戦車、ヘリコプター、装甲車、哨戒艇もろとも400年前の戦国時代にタイム・スリップ。2万人の武田信玄軍対近代兵器の凄絶な戦いが展開される。
