为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉,他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式,将术师灵子化之后送回过去,只为阻止人类历史就此中断。 被扭曲的冬木圣杯战争,Saber(阿尔托利亚·潘德拉贡)黑化并杀掉Caster以外的所有从者顺道灭了整个冬木后在大空洞等待Caster的来临。这次战争的Caster为库·丘林,他个人表示如果职阶是Lancer就能秒杀黑Saber,因为主角,玛修和奥尔嘉玛丽的介入,成功停止了这场疯狂的圣杯战争,但Saber和Caster双双消失意味着这场战争没有人获得圣杯。关卡最后消灭了奥尔嘉玛丽灵魂的雷夫加上这次战争的Saber也认识Grand Order,到底是…?
故事发生在车水马龙充满了无数时尚潮流元素的原宿。在这里,有一间名为“PARK”的商店。温柔体贴不善于表达自己的感情的须藤璃都(春奈露娜 配音)、极具个性拥有自己的主见不轻易动摇的白子真理(上坂堇 配音)和智商超高容易陷进自己的世界之中无法自拔的绵䌷琴子(石见五菜香 配音)共同经营着这间商店。 让三人没有想到的是,有一天,竟然真的发生了外星人进攻地球的戏码,不仅如此,人类还处于劣势,险些一败涂地。这时,一位名叫丸野美沙(天野心爱 配音)的神秘少女出现在了三人的面前,非常热爱原宿风格的她以及三名少女,似乎成为了人类最后的希望。