《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
むかしむかし。日出国の神様は、生まれたばかりのこの地を守るために十二の神の使いを選ぶお祭りを催しました。十二支に選ばれた干支娘たちは、この地を永きに渡り守ってきました。選ばれなかった猫と共に。
小新的失踪令美伢(楢桥美纪 配音)和广志(藤原启治 配音)感到十分焦急,就在此时,一名代号肌肉(玄田哲章 配音)的男子出现在了两人的身边,很显然,肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉,但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索,美伢和广志得知小新身在香港,两人前往香港,在那里又遇见了肌肉,一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。