与此同时,一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面,柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时,柯南接到重亚昂(赤井水一饰)的电话,被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相,柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船,并进入该设施。之后,在稳步准备系统启动的设施中,发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架,她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻,在八丈岛上的阿石原爱身边,也有一道黑影悄然靠近
在一次事故中,一个名叫永仓浩(Hataka Nakayo配音)的男孩出乎意料地接住了巧聘全力扔下的球。两人的相遇使命运的齿轮开始转动。乔和郝都加入了新田东高中的棒球系,在那里他们遇到了许多志同道合的朋友——沉默寡言的队长Hayashi Ichiro(由梅原裕一郎配音)、温柔体贴的泽口武(由村濑武配音)、自信的吉信茂(由斋藤聪配音)和不苟言笑的永司展(由森间秀夫配音)。