在他以前的朋友海斗（细谷正雄配音）的帮助下，永井惠踏上了无尽的逃亡之旅。在路上，永井惠遇到了佐藤（由大冢芳中配音），佐藤也是一名亚洲人。佐藤想让长井惠加入他秘密组建的亚洲组合，但敏感的长井惠发现了佐藤隐藏的真实面目和目的。亚洲人一直受到政府的迫害和残酷研究，因此佐藤试图通过一系列恐怖袭击重新获得他们的权利。长井惠在他的领导下叛逃到亚洲管理委员会的大崎（由樱井隆弘配音），与强大的佐藤对抗。一场充满硝烟和鲜血的战争即将在亚洲人和人类之间开始。
因偶然事件为契机与世界第一的英雄欧尔麦特相遇的“无个性”少年绿谷出久，身体内继承了欧尔麦特的个性，具有了成为英雄的资质。在经过严厉的训练后，绿谷出久成功进入了雄英高中入学，在与爆豪胜己、丽日御茶子等英雄科1年A班的同学们一起在互相切磋和学习中度过每一天。在这种情况下，全国瞩目的活动“雄英高中体育祭”来临了。目指第一的爆豪胜己，因为家族原因具有强烈意志的饭田天哉，为了否定父亲而渴求胜利的轰焦冻，以及英雄科1年B班的成员...。雄英高中所有同学都气志高涨，绿谷出久也重新下定了决心。“我也会全力去比赛的！“ 以最顶级的英雄为目标的学生们，“个性”、力量和自尊的战斗拉开了序幕！！
某日，野原新之助（矢岛晶子 配音）正在公园里和风间（真柴摩利 配音）、妮妮（林玉绪 配音）等朋友们玩耍，意外遇见了一位名为金有久美子（钉宫理惠 配音）的神秘女子，久美子告诉小新，自己来自于遥远的未来世界，而彼时已经长大成人的新之助，正是自己的未婚夫。 跟随着久美子，小新一行人来到了未来，在那里，金友电机的社长，亦是久美子的父亲金有增藏手握大权，并且绑架了一直和自己作对的新之助。得知小新的到来会阻碍自己的计划，增藏派出了刺客，在强大的敌人面前，小新能否顺利救出新之助，并且帮助面前这个陷入了黑暗之中的世界重新找回光明呢？
