在经过了「女皇之刃 流浪的戰士」以及「女皇之刃 王位的繼承者」，第三季的动画已确定为「女皇之刃 叛乱」，这次的故事可是建基于「女皇之刃」原作的第二系列第一作「叛乱的骑士姬」，所以这次的主角将会是由骑士公主安妮洛特担任。
陆路修和他的妹妹隐藏着自己的身份，过着看似普通的学生生活。然而，陆鲁修对帝国的仇恨并没有停止在他的心中。他希望摧毁帝国，创造一个让他妹妹能够幸福生活的世界。随着神秘女孩C·C的出现，这一切变得不再遥远。此时，朱雀也再次出现在他们的生活中，但残酷的现实让儿时的朋友们很难重温童年的记忆。这里没有正义或邪恶，没有黑暗或光明，只有艰难的选择和不可预测的明天。
某一天，山田与加濑她们两人因山田种的牵牛花而相识，并成为好朋友。
