桂木弥子(植田佳奈 配音)是一名拥有着悲惨过去的高中女生,她的父亲死于非命,然而凶手至今未被找到。命运让充满了谜团的弥子和憧憬着谜团的奈罗相遇了,在奈罗的帮助下,弥子终于解开了事件的真相。之后,奈罗和弥子开设了魔界侦探事务所,弥子虽为名誉上的所长,但真正运转侦探社,解开谜题的却是拥有着恐怖魔人力量的奈罗,两人联手解开了一系列匪夷所思的案件,使得黑暗的人性在光天化日之下无处遁形。
与此同时,一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面,柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时,柯南接到重亚昂(赤井水一饰)的电话,被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相,柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船,并进入该设施。之后,在稳步准备系统启动的设施中,发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架,她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻,在八丈岛上的阿石原爱身边,也有一道黑影悄然靠近