並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……
在一个漆黑的夜晚，一名间谍悄悄潜入日本警察局，从记录了各间谍机构重要数据的绝密文件中窃取了绝密数据。日本警方和联邦调查局特工赤井水一（池田秀树配音）立即追捕这名间谍。最后，逃犯的车从悬崖上掉了下来。
花与艾丽斯双双考进宫本所念书的高校，花也设法成为了宫本所在的相声社团的社员。某次意外令宫本患上短暂性的“记忆丧失”，花趁机编出其是宫本曾开口示爱的对象，两人谈起伪恋爱。眼看谎言越撒越多接近无法收场，花情急之中把艾丽斯拉了进来，不想她自己成了“电灯泡”。
