之后，BUGS1搭载六名宇航员前往火星，目的是收集和运输生物样本。令六个人和全人类惊讶的是，火星上独特的气候导致生活在那里的蟑螂发生了突变。他们不仅拥有人类的体格，而且还发展出极强的攻击和作战能力。几乎在一瞬间，这六个人就被彻底消灭了。幸运的是，一只蟑螂的头部样本被送回了地球，科学家们在研究后决定将其称为“火星外星人”。令所有人惊讶的是，这种可怕的生物已经成为未来拯救人类的唯一希望。
1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……
