在一个普通的小镇上,生活在一个五口之家的普通小学生高池直也(田村由里配音)、朋友铃木和村(清水爱配音)和伊丽莎·巴恩斯(奈宫理惠配音)过着无忧无虑的生活。这一天,他们偶然发现了一只类似水貂的动物,Yuno Skleia(由水桥香织饰演)。某日,一群使用风遁之术的空忍空袭火之国,无数民众和忍者遇害,形势危急。据纲手大人所言,这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团,如今他们怀着复仇之心再次出现。