然而,医生仍然无法接受失去孩子的痛苦,也无法正确治疗阿童木,因为他认为阿童木不是人而抛弃了他。阿童木成了一个无家可归的流浪者,也被各地的军队通缉,最终被抓获。军方要求天马博士去除阿童木的能量,并将其转化为军用机器人的能源。在最后一刻,天马医生突然醒来,协助阿童木逃跑。面对军方的追击和拦截,阿童木奋起反抗,最终,一场惊天动地的战争迫在眉睫。在不断旅行的过程中,阿童木逐渐长大,他也接受了自己将机械与人类结合的设计,肩负起了全人类生存的责任。
本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。 在跨越无数的试练后,武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜,在作出正式诀别后踏上各自的旅途。 在经历一段时间后,游戏等人重新回归平凡的生活。
而他们面前出现的是花魁打扮配一袭白衣的艳丽女子翠雨,以及她的恋人克里斯。雪村邀请翠雨二人帮助他们一起完成「证明喜欢的实验」,却因此见识了翠雨他们压倒性的爱之气场……