革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感，时刻密切监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……
佐藤和信（由福岛润夫配音）是一个整天沉迷于游戏的普通年轻人，经常对游戏中的漂亮女孩垂涎三尺。一场意外的交通事故导致赫珍不幸死亡。在黑社会中，和珍遇到了女神阿克雅（由Yumiya Tian配音），她专门指导年轻的死者。
就读于穗群园学园的普通女孩伊利亚，某天遇到了自称是人造自然精灵的红宝石万花筒魔法杖，被迫签约成为魔法女孩伊利亚。此时，她是红宝石之星的持有者，并成为魔术师袁班琳的奴隶，袁班琳是万花筒之杖的原始持有者。在他的指挥下，她被迫帮助取回军衔卡。
