2019年的一个夜晚，新东京郊外的封闭高速公路上，暴走族团体正在公路上飙车。带头的少年，是一名叫做金 田的职业高中学生。 突然，街上出现了一位奇怪的矮个子男子，暴走族少年铁雄为躲避车祸连人带车飞出公路。正当金田要拿那位男子问罪之时，军队驾驶直升飞机赶到。将那位矮个男子与铁雄一起收押。 铁雄进入了一个陌生的地方，这里似乎在从事超能力的研究。而金田则在盘算如何营救铁雄。二人都不知道，他们的未来，因为神秘力量——阿基拉而已经开始了巨大的变化。
D.53年后，在粉红色樱花盛开的岛上，无数的樱花在空中飞舞，一年四季无休止。整个岛屿在冬天被粉红色的花海所覆盖。地上下着厚厚的雪，空中飘着纯白的雪花。这是一个呼出的气息变成白雾的季节，让人不愿意起床。
一次偶然中，七濑武在校园里遇见了一名昏倒在地上的少女，善良的七濑武将少女带到了保健室，得知她名叫相羽六（东山奈央 配音）。 让七濑武没有想到的是，他和相羽六的相遇彻底改变了自己的人生轨迹。相羽六在误打误撞之中将七濑武变为了魔法使。之后，七濑武的青梅竹马五十岛胡桃（濑户麻沙美 配音）、同班同学伊田一三（铃村健一 配音）和保健老师兵头七海等人纷纷拥有了能够使用魔法阵的能力。
