二十年后的一天,初音岛风间书院官方新闻部门的权威遭到了非官方部门的大胆挑战。毕业季即将到来,出版《毕业季》特刊成为该系的首要任务。这一次,森原莉夏部长(新田惠海配音)决定调查传说中的樱花树,并将“魔法”作为杂志的主题。
是护士的阴部把唯一温柔的微笑指向了一个年轻人和一位住院的hikikomori的老主人。是一位老州长继续追随yokan的出现,但有一天,医院里的分区变得普遍,这也成为了一种牺牲。
某日,野原新之助(矢岛晶子 配音)正在公园里和风间(真柴摩利 配音)、妮妮(林玉绪 配音)等朋友们玩耍,意外遇见了一位名为金有久美子(钉宫理惠 配音)的神秘女子,久美子告诉小新,自己来自于遥远的未来世界,而彼时已经长大成人的新之助,正是自己的未婚夫。 跟随着久美子,小新一行人来到了未来,在那里,金友电机的社长,亦是久美子的父亲金有增藏手握大权,并且绑架了一直和自己作对的新之助。得知小新的到来会阻碍自己的计划,增藏派出了刺客,在强大的敌人面前,小新能否顺利救出新之助,并且帮助面前这个陷入了黑暗之中的世界重新找回光明呢?