4月1日，一位名叫俊勋（福山润配音）的高中生拥有独特的体格，可以看到并吸引各种各样的鬼魂和怪物。他的朋友百木鬼（由中井和也配音）和小葵（由伊藤静配音）都是特殊能力。百亩鬼有驱魔的能力，而科奎有带来厄运的体质。
故事发生在遥远未来的浩瀚宇宙中，银河帝国与从帝国中分裂开来的自由行星同盟是存在于其中的两大势力，他们相互为敌，之间不断发生着残酷的战争。联结着帝国和同盟的，是两条著名的回廊——“费杀回廊”和“伊谢尔伦回廊”，而在费沙回廊中，存在这一个特殊的国家——“费沙自治领”，这个看似弱小的国家以它的方式在动荡的局势中独善其身，成为了不可小觑的又一股势力。 长久以来，在三股势力之间维持着微妙的平衡，而帝国的莱因哈特·冯·罗严克拉姆（堀川亮 配音）与同盟的杨威利（富山敬 配音）的出现预示着平衡的终结，历史的车轮就此开始转动。
谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
