茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。那些成为奴隶的“恶魔”作为皇家首都复兴的食物,还有那些随着信仰的消失而失去权力的“神”。在一个逐渐失去平衡的世界里,“人”、“神”和“魔”的正义相互交织