在一次偶然的森林探险中,玛丽看到了传说中的神奇花朵“夜间飞行”,还发现了一把坏扫帚。不幸的是,这把神奇的扫帚把玛丽带上了天空,来到了专门训练魔术师的恩德学院。在这个神奇的地方,玛丽受到了曼布莱切克女士(天海佑希配音)的热情接待,还遇到了长相奇怪的D医生(小日向文石配音)。虽然女孩迷迷糊糊地变成了巫师学生,但他很快就发现了这里隐藏的秘密。。。这部电影改编自玛丽·斯图尔特的英国儿童文学小说,是米林·鸿昌离开吉卜力工作室后制作和拍摄的第一部动画长片。
故事发生在大陆历一六零四年,持续了三个世纪的漫长战争终于画上了终点,整片菲尔毕斯特大陆哀鸿遍野,满目疮痍。托鲁(间岛淳司 配音)和阿卡丽(原优子 配音)虽然没有血缘关系,却结为了义兄妹,两人相互扶持经历了残酷的战争,彼此之间结下了深深的羁绊。