ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合（E.U.）の戦争は大きな転機を迎えようとしていた－－。E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。
一个名叫克鲁贝洛斯（由久川雅雅配音）的会说话的玩偶出现在她面前。小可告诉她，他是守护这本书的神兽，书中封印着一种名为库洛牌的东西。现在封印解除了，它希望小樱成为一名库罗法师，并将帮助她恢复这些制造麻烦的库罗牌。第二天，一个叫李晓朗（由熊井素子配音）的转学生被调到了樱花的班。这个看起来很酷的男孩也是冲着库罗牌来的。随着库罗牌的封印，越来越多的角色出现在小樱身边，但他们的真实目的仍然未知。
