突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。 意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。 为对抗他们而开发的,便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力, 被称为“子体”的兵器。 负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。
从卡多当中现身的神秘存在亚哈库依·扎修尼纳,试图与人类进行接触。被卡多吸收的真道,接受了亚哈库依·扎修尼纳与人类之间的调停任务。另一方面,日本政府也将国际交涉官徭沙罗花作为代表送往现场。亚哈库依·扎修尼纳究竟是什么人?而他的目标又是什么?
《枪神》根据由内藤泰弘先生的漫画原作漫画版TRIGUN(トライガン)改编。 故事从梅丽鲁和米丽——两位自称来自贝露那堤保险协会的少女,缉拿“世纪大飓风”的线索开始。