世界受“魔甲虫”威胁,大地遭其占据,人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司,是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而,如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天,彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——?由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击,现在启动
浅草绿(斋藤飞鸟饰演)是一名一年级的高中生,是一名动漫爱好者,他强调“设定就是生活”。在素描本中绘制和积累各种想法,但由于无法独自行动,无法朝着动画制作迈出一步。对于浅草作为制片人的天赋,近森·沙耶加(由美泽美博饰演)很快就注意到了。
故事发生在世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台,由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗,为了实现自己的愿望,而发誓在这个都市中战斗。