与此同时，神秘天体正在接近 地球，魔界之王戴玛奥企图统治世界，他预测到大雄和他的朋友们将是他前进道路上的阻碍，于是他派出魔女美杜沙铲除这些绊脚石。大雄他们遇到了空前的危机……
在一个阳光明媚的日子里，左眼戴着眼罩的美少女被人搭讪，女孩则冷冷地讲述关于二重身的恐怖传说，不久果然有一个同样戴眼罩、长相与之完全相似的女孩走了过来，吓得男孩落荒而逃。
Ikashi Shinji，成为“第三次冲击”的罪魁祸首，变得像一个无用的人。。。真嗣还能振作起来吗？继2012年《福音勇士》新剧场版：Q之后，这部动画告诉了这个密封故事的续集。
