值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
他奉命执行一项秘密任务：追踪东方民族团结党领袖唐纳德·德斯蒙德的一举一动。这个危险人物对东西方和平构成了重大威胁。这次行动代号为‘猫头鹰’。黄昏时，有必要组织起来一个家庭，偷偷溜进德斯蒙德儿子就读的著名学校，参加他们的日常社交聚会。他伪装成一名精神病医生，劳埃德·福吉，很快组建了一个家庭。一切都按计划进行，但没想到，他的“女儿”Ania有读心术，而他的“妻子”Joel是个杀手！这三个志趣相投、隐瞒真实身份的人就这样生活在一起。维护世界和平的重任落在这个暂时的家庭身上。事情的发展是不可预测的！
