故事发生在某个晴朗的下午，鲁鲁修与娜娜莉一起度过着安稳的时间。突然，娜娜莉向鲁鲁修请求：“想再听以前在皇宫的庭院哥哥讲的那些充满快乐的故事”。
这个被称为“疫苗世界”的地方在维度上与地球不同，是一个和平稳定的世界，四季如春。有一天，被封在那里的病毒之王“黑暗恶魔”逃跑了，朝着地球的方向逃跑。被这件事困扰的疫苗行业女神玛雅命令学徒守护兽麦丸追捕黑暗恶魔和他们所生的病毒。
一起意外的发生令伊织陷入了困境，所幸得到了一贵和其好友寺谷（小伏伸之 配音）出手相助，才得以平安度过难关，伊织和一贵之间的关系也因此迎来了新的局面。就在两人距离越来越近之时，一贵久违的青梅竹马逸姬（中世明日香 配音）横插一足，对一贵发起了热烈的进攻，伊织因此误会了一贵真正的心意，在悲伤之中，她决心成全一贵和逸姬。
