在外人看来,学生会是美女如云的天堂,但是津田身边的三位学生会女干部性格都非常独特,津田开始了他每天学生会的吐槽生活。
三人回忆起小学时光,约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里,他们居然遇到了归国的松冈凛(宫野真守 配音)。意料之外的是,昔日战友凛性情大变,还对遥发起挑战,结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部,经过多番努力后,终于招募到了新成员龙崎怜(平川大辅 配音),他们以县大赛冠军为目标,进行紧张的集训。另一方面,凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定,要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部,在这个夏天,开始了关于友情与青春的Free!故事。
故事中的怪物大多来自《百鬼夜行》中的西山石山和《小人物的百个故事》中的竹原春树的怪物画集。表面上看,努良芦生是一名13岁的普通一年级学生,但实际上,他是怪物“滑头鬼”的孙子,拥有怪物四分之一的血统。